창업 초기 스타트업이 챙길 수 있는 효과적인 절세전략

* 이 콘텐츠는 세무법인 혜움이 한경 The Pen에 필진으로 기고한 콘텐츠입니다.


스타트업은 그 특성상 세무에 대한 관심이 떨어지곤 합니다. 설립 초기에는 매출이 거의 없고, 연구 개발 등을 위한 비용 지출이 큰 비중을 차지하기 때문이죠. 당장 순익이 발생하지 않아 납부해야 할 세금이 없다 보니 세무에 대한 관심도 줄어들게 됩니다.

하지만 일부 절세전략은 기한 요건이 있거나, 초기에 준비할수록 효과가 극대화되는 경우가 있습니다. 설립 초기에 절세를 준비하는 경우와 그렇지 아닌 경우는 시간이 지날수록 세부담의 커다란 격차를 만들게 됩니다. 따라서 창업 초기 스타트업을 운영 중이라면 지금 챙길 수 있는 모든 절세 전략을 알아두는 편이 좋습니다.

창업 초기 스타트업이 챙길 수 있는 효과적인 절세전략

📌 이 글을 읽고나면

  • 창업 초기의 스타트업을 경영 중인 대표님은
    – 창업일 3년 이내에 벤처기업 인증을 받고 5년간 법인세 50% 이상 감면 받을 수 있어요
    – 기업부설연구소 혹은 전담부서 설립을 준비하고 연구개발비 25%를 감면 받을 수 있어요


창업 초기 스타트업이 챙겨야 할 절세전략


1️⃣ 벤처기업 인증을 통한 창업벤처중소기업세액감면


① 받을 수 있는 세제혜택

  • 5년간 법인세(종합소득세) 50%이상 감면

  • 사업용 부동산 취득세 및 재산세 감면

정부는 특정 업종의 창업을 장려하기 위하여 일정 요건을 갖춘 신규 창업 기업에게 5년 간 법인세(또는 종합소득세)를 50% 이상 감면해주고 있습니다. 사업용 부동산 취득 시 취득세, 재산세를 감면해 주기도 합니다.

사업 초기에는 발생하는 이익이 없어 요건이 충족되어도 감면을 받지 못하는 경우도 있습니다. 이런 경우를 감안하여 감면 시작 시점을 최대 5년 한도로 연장해주고 있습니다. 따라서 기술 기반의 스타트업이라면 가장 눈여겨 봐야하는 절세전략 중 하나입니다.

② 설립 초기에 미리 준비해두어야 하는 이유

  • 창업일로부터 3년 이내 벤처 인증 필수

창업벤처중소기업세액감면을 받기 위해서는 신규창업, 업종요건도 갖춰야합니다. 그러나 가장 중요한 것은 창업일로부터 3년 이내에 벤처인증을 받는 것입니다. 창업일로부터 3년이 경과한 이후에 인증을 받으면 감면혜택을 받지 못하기 때문입니다.

이러한 기한 요건 항목 때문에 설립 초기부터 미리 절세를 위해 대비해 두어야 합니다. 다만, 설립 당시 대표가 청년(만 34세 이하, 병역을 이행한 경우에는 해당기간을 빼고 연령 계산)인 경우에는 벤처인증과 무관하게 세액감면을 받을 수도 있습니다.

③ 벤처기업 인증 시 유의할 점

  • 벤처투자유형, 혁신성장유형 인증이 절세에 유리

  • 세제혜택 유지를 위해서는 3년마다 재인증 필요

벤처인증은 3가지 유형이 있습니다. (1)벤처투자유형 (2)연구개발유형 (3)혁신성장유형 입니다.

유형별로 인증요건이 조금씩 다르지만, 절세요건을 충족하기 위해서는 가급적 (1) 벤처투자유형, (3)혁신성장유형으로 인증을 받는 것이 좋습니다. (2)연구개발유형으로 인증을 받게 되면 매년 매출액의 5% 이상을 연구개발비로 사용했음을 추가로 입증해야만 감면 혜택을 받을 수 있기 때문입니다.

벤처인증에는 유효기간이 있는데요, 2023년 기준으로 유효기간은 3년입니다. 따라서 세제 혜택을 유지하기 위해서는 재인증을 하여 요건을 유지해야 합니다.

④ 벤처인증으로 얻을 수 있는 추가 혜택

  • 스톡옵션 한도 상승 및 다양한 임직원 혜택 제공 가능

임직원 스톡옵션을 제공할 경우, 벤처기업은 더 많은 양의 스톡옵션 한도를 갖게 됩니다. 또한, 임직원이 부담해야 할 행사 가격을 낮추는 등 다양한 세제 혜택을 임직원에게 제공할 수 있습니다.


  • 병역지정업체 선정 요건 충족 등

벤처인증을 받을 시 *병역지정업체로 선정될 수 있는 요건 중 하나를 충족하게 됩니다. 이를 바탕으로 우수한 젊은 인력을 확보 할 수 있습니다. 이 외에 정부 지원사업 신청시에도 벤처인증은 가점요소가 됩니다.

* 병역지정업체란?
대체복무제도의 하나로, 병역자원의 일부를 병무청장이 선정한 기업체에 연구 또는 제조·생산 인력으로 활용할 수 있습니다.



  • 투자 가능성 증가

벤처기업 투자자에게는 양도 차익 비과세와 같은 세제 혜택이 적용됩니다. 이처럼 투자에 대한 매력도가 증가하기 때문에 투자자로부터 투자받을 확률이 높아져 사업자금 확보에 도움이 됩니다.

2️⃣ 연구인력개발비 세액공제

① 받을 수 있는 혜택

  • 연구개발비로 지출한 금액의 25% 이상 세액 공제

연구인력개발비 세액공제는 연구개발비로 지출한 비용의 25% 이상을 법인세(또는 종합소득세)에서 공제해주는 제도입니다. 초기에 납부할 세금이 없어 공제 받지 못한다면, 최대 10년간 이월하여 나중에 납부할 세금에서 공제해주고 있습니다.

신성장•원천기술과 같은 특정 분야에는 추가적인 세액공제를 적용해주기 때문에 눈여겨보아야 합니다.

신성장•원천기술 세액공제란?
미래성장동력 확충 및 일자리 창출을 위하여 신성장ㆍ원천기술 분야의 연구개발비 및 시설투자비에 대해 세액공제 신청 시, 해당 과세연도 소득세 또는 법인세에서 공제비율 한도 내 세액공제합니다

② 설립 초기에 기업부설연구소/전담부서를 준비해야 하는 이유

  • 기업부설 연구소 혹은 전담부서 설립 이후에 발생한 비용만 공제

연구인력개발비 세액공제는 (1)기업부설연구소 또는 전담부서를 설립했을 시 (2)그곳에 소속된 인력의
인건비와 사용된 재료비를 공제해주는 제도
입니다. 따라서 연구소 또는 전담부서 승인일 이후에 발생한 비용만 공제받을 수 있습니다.

  • 사전에 연구소 및 부서를 설립할 공간과 연구 인력 필요

창업일로부터 3년 이내의 기업의 경우, 소규모 연구소 설립 시 2명 이상의 연구 요원을 필요로 합니다.
전담부서 설립 시에는 1명 이상의 연구 요원을 필요로 합니다. 또한, 연구 공간을 위해 칸막이 등을 활용하여 일정 면적 이상의 독립된 공간을 마련해줘야 합니다.

이처럼 연구인력개발비 공제를 받기 위해서는 다양한 준비가 필요하기에 설립 초기에 미리 준비를 하는 편이 좋습니다.

③ 기업부설연구소/전담부서의 모든 비용을 공제받을 수 있을까?

  • 연구개발자금 중 정부로부터 지원받은 금액은 공제 대상에서 제외됩니다. 세액 공제 대상이 된다면 중복지원이 되기 때문입니다.

  • 소속된 직원 중 연구개발을 전업으로 하지 않고 관리나 영업 등의 업무를 수행하는 직원의 인건비는 공제대상에서 제외됩니다. 또한, 출자 임원의 인건비 역시 제외됩니다.

  • 연구개발에 사용되는 소프트웨어가 아닌, 범용 소프트웨어의 사용료는 공제 대상으로 인정받지 못합니다.

④ 연구개발 시 잊지 말고 작성해야 할 서류들

  • 연구개발 계획서, 연구개발 보고서, 연구 노트를 작성하여 연구개발의 증빙으로 삼아야 합니다.

연구개발 활동을 인정받기 위해서는 실제 진행한 연구 내역을 입증해야 합니다. 이 때 앞서 열거한
세 가지 서류를 기본으로 하고 있습니다. 해당 서류들은 과세연도 종료일로부터 5년간 보관해야 합니다. 또한, 과세 관청의 제출 요청이 있을 시 제출 의무가 있기 때문에 잊지 말고 작성해두어야 합니다.

창업 초기의 스타트업의 경우, 미래가 불확실하기 때문에 지금 당장 눈앞에 다가오지 않은 세금 준비는 조금 미루어두는 경향이 있습니다. 하지만 사업이 성장할수록 세금 문제는 피할 수 없는 사항이 됩니다.

따라서 오직 사업 초기에만 준비할 수 있는 절세 전략은 필수로 검토하고 놓치지 않으시길 바랍니다.

세무법인 혜움 우재현 세무사(법인/스타트업 컨설팅 전문)


사업 초기에는 아직 납부할 세금이 많지 않을 수 있습니다. 하지만 사업 초기에 세무에 대한 관심을 뒤로
미룬다면, 오직 창업 초기에만 받을 수 있는 막대한 절세 혜택을 아쉽게 놓칠 수 있습니다.

장기적인 사업을 운영하기 위해서는, 기업 운영의 기본 토대가 되는 세금 문제부터 탄탄하게 준비해야
합니다. 지금 우리 기업이 받을 수 있는 막대한 절세 전략을 찾고 있으시다면 혜움의 전문 세무사와 상담해보세요.

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