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사업 초기 챙겨야 할 절세 전략(1) 연구인력개발비 세액공제

2023-03-29

본 연재는 가상의 창업가 ‘나대표’가 세무사 선배인 ‘김멘토’를 만나 스타트업에서 겪는 다양한 세무 이슈를 풀어 가는 스토리 텔링 기반의 기사입니다. 나대표가 성공적으로 엑시트하는 그날까지, 다양한 세무 이슈를 다뤄 보겠습니다

✅원포인트 어드바이스

전담연구원이 1명 이상 있다면 연구인력개발비 세액공제를 받을 수 있습니다. 새로운 기술이나 제품, 콘텐츠 등을 개발하는 기업의 연구인력개발비의 일정액(25% 이상)을 세액공제함으로써, 기업의 연구 및 인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력 확보를 용이하게 하기 위한 제도입니다.

[연구인력개발비 세액공제]

공제요건
- 세법에서 열거한 연구인력개발비
- 기업부설연구소(또는 연구전담부서) 인증을 받은 후 발생한 비용

공제비율(중소기업 기준)
- 일반 연구인력개발비 : 25% 이상
- 신성장 원천기술 : 30% 이상
- 국가전략기술 : 40% 이상

제출자료
- 구분경리된 연구인력개발비 내역
- 연구개발계획서
- 연구개발보고서

김 멘토는 나 대표와 정부지원사업 관련 이야기를 나눈 후 사무실을 둘러보았다. 사무실에는 네 명의 팀원들이 있었고 각자의 업무에 열중하고 있었다. 인사를 나누어보니 개발을 담당하는 팀원과 사업기획 및 행정업무를 담당하는 팀원으로 각자 업무가 나뉘어 있었다. 팀원분들과 가볍게 인사를 나누고 김 멘토는 나 대표와 회의실로 들어왔다.

나 대표(이하 대표) : 함께 사업을 꾸려나가고 있는 친구들이예요. 두 명은 처음 창업부터 같이 시작했고 두 명은 사업장을 내면서 합류했습니다.

김 멘토(이하 멘토) : 함께할 팀원들이 있어 든든하겠어. 인사를 나눠보니 각자 업무가 나뉘어 있는 것 같더군

대표 : 효율적으로 업무를 진행할 수 있도록 주요 담당을 나누어 두었습니다. 두 명은 개발 업무를 담당해주고 있어요. 한 명은 저와 함께 사업 기획과 외부 업무를 주로 담당하고, 다른 한 명은 각종 행정 업무와 사업장 내부에서 발생하는 일들을 정리해 주고 있어요.

멘토 : 나 대표의 사업처럼 새로운 기술이나 제품, 콘텐츠 등 개발을 하는 기업이 절세를 위해 초기에 해두면 좋은 것이 있어 추천해볼까 해. 혹시 기업부설 연구소나 연구 전담부서라고 들어 보았어?

대표 : 기업부설 연구소, 연구 전담 부서요? 규모 있는 기업에서 만들 것 같은 이름이네요.

기업의 연구개발을 장려하는 세액 공제 혜택

중소기업이 연구개발비로 지출한 금액의 25% 이상을 법인세나 종합소득세에서 공제
기업부설연구소나 연구전담부서를 승인받은 이후 발생한 연구개발비에 대해서만 공제

멘토 : 기업의 연구개발 활동을 장려하기 위해 세법에서는 중소기업이 연구개발비로 지출한 금액의 25% 이상을 법인세나 종합소득세에서 공제해주는 제도를 마련해 두었어. 25%는 일반 연구개발에 대한 공제율이고 신성장원천기술에 해당하는 경우는 30%, 국가전략기술에 해당하면 40% 이상을 공제해주고 있어.

사업 초기에는 이익이 나지 않아 공제받을 세금이 없는 경우가 많으니, 최대 10년간 이월해서 나중에 납부할 세금에서 공제해주고 있지. 기업으로서는 신기술이나 제품, 콘텐츠 등 확보를 위해 지출해야 할 비용인데 나중에 납부해야할 세금에서 공제해주는 혜택까지 준다면 더할 나위 없이 좋지 않겠어?

대표 : 당연하죠. 기술우위나 신규 서비스를 확보하기 위해 연구비는 매년 지출하게 될 텐데, 부담을 크게 덜어낼 수 있겠네요. 그런데 선배님이 기업 부설 연구소를 말씀하신 걸 보니 왠지 기업 부설 연구소가 있어야만 할 것 같은 느낌이 드네요?

멘토 : 맞아. 연구 개발비를 지출하기만 한다고 해서 세액공제를 적용해주지 않아. 기업 부설 연구소 또는 연구 전담부서가 있고, 해당 부서를 통해 지출된 연구 개발비에 대해서 세액공제를 적용해주고 있거든. 기업 부설 연구소나 연구 전담부서를 승인받은 날 이후에 발생한 연구 개발비에 대해서만 공제받을 수 있으니, 사업 초기에 만들어야 할 이유가 여기에 있지.

세액 공제 혜택을 받기 위한 주요 요건은?

인적 요건을 갖추기 위하여 연구 전담 요원 확보가 필요
물적 요건으로는 연구 개발활동 수행을 위한 독립적인 연구 공간 필요

대표 : 그런데 사업을 시작한 지 얼마 안 되었고 규모가 작은 우리도 기업 부설 연구소나 전담 부서를 만들 수가 있는 건가요?

멘토 : 작은 기업일수록 설립 요건이 완화돼. 설립을 위해서는 인적 요건과 물적 요건을 갖춰야 하는데, 인적 요건은 연구 전담 요원을 몇 명 이상 확보해야 하는지를 규정하지. 연구 전담 요원은 자연계분야 학사(4년제) 이상이거나 국가자격법에 의한 기술, 기능분야 기사 이상을 보유한 경우를 말해.

하지만 중소기업의 경우에는 자연계분야 전문학사로 2년 이상 연구 경력이 있는 사람과 국가자격법에 의한 기술, 기능분야 산업기사를 보유한 사람으로 2년 이상 연구 경력이 있는 경우, 마이스터고 등 졸업자로 4년 이상 연구 경력이 있는 사람까지 추가로 포함을 시켜주고 있어.

소기업이 기업 부설 연구소를 설립할 땐 연구 전담 요원을 3명 이상 확보해야 하는데, 창업일로부터 3년까지는 2명 이상만 확보하면 돼. 벤처기업이 되면 3년 이후에도 2명으로도 가능하게 되어 있지.

대표 : 그럼 연구인력이 2명이 있고 설립 3년 이내인 우리는 인적 요건을 맞출 수 있네요?

멘토 : 그렇지. 하지만 연구전담요원이 1명만 있다면 기업부설연구소가 아닌 연구개발전담부서를 활용할 수 있어. 연구개발전담부서는 기업 규모와 관계없이 1명 이상이면 만들 수 있게 되어 있거든.

대표 : 기업마다 상황에 따라 선택하면 되겠네요. 그럼 물적 요건은 어떤 것을 보는 건가요?

멘토 : 연구 개발 활동을 수행하기 위해 독립적인 연구 공간이 확보되어 있는지를 확인하는 것이 물적 요건이라고 생각하면 돼. 다른 부서와 독립적으로, 연구 부서만 있는 출입문이 달린 별도의 방이 있으면 되는 거지. 출입문이 있는 별도의 방을 조성하기 어려운 경우에는 사무실 내 50m² 이하의 면적을 칸막이 등으로 구분해서 연구 부서만 사용하도록 하면 돼.

대표 : 연구만을 하기 위한 독립적 공간을 확보해두는 것이 중요한 것이군요. 인적, 물적 요건을 맞추고 나서 설립 신청만 하면 되는 건가요?

설립 신고 후 인증서까지 발급 받았다면, 주의사항은?

공제 대상에서 제외되는 금액
- 연구개발이 전업이 아닌 연구자의 인건비
- 범용 소프트웨어 사용료
- 다른 정부 지원 사업과 중복으로 지원 받은 금액
5년 동안 연구 개발 활동 증빙 서류 보관 필요

멘토 : 요건을 갖췄다면 설립 신고서를 제출하고 심사를 거쳐 인증서를 받으면 돼. 과학기술분야 또는 서비스분야 연구개발 활동을 수행하는 기업은 한국산업기술진흥협회(KOITA)에서 주관하는 기업부설 연구소/전담 부서 설립을 하면 돼. 콘텐츠 등 문화산업이나 창작개발을 수행하는 기업은 한국콘텐츠진흥원(KOCCA)을 통해 기업부설창작연구소/전담부서를 설립하면 돼.

대표 : 사업 분야에 따라 연구소 관리주체를 달리하고 있는 거군요.

멘토 : 인증받은 후에는 연구개발비로 공제받을 수 있는 항목들은 장부상 구분해 두어야 해. 이때 주의할 점은 연구개발비 세액공제를 받을 수 있는 비용들을 잘 구분해야 한다는 점이야. 연구소에 소속되어 있더라도 연구개발을 전업으로 수행하지 않고 관리나 영업 등 업무를 같이 수행하는 연구자가 있으면 그 인건비는 제외되어야 해.

또한, 연구개발에 특정해서 사용하는 소프트웨어가 아닌 범용적 소프트웨어 사용료는 공제받지 못하는 등 세부적인 내용을 확인해야 해. 그리고 정부 지원사업 등을 통해 보조받은 금액은 연구개발비와 중복지원이 되지 않도록 세액공제 대상 금액에서 제외되니까 잘 살펴봐야 하지.

대표 : 세제 혜택이 큰 만큼 공제 대상 항목을 엄격하게 관리해야 하겠네요.

멘토 : 그리고 실제 연구개발 활동을 했다는 증빙으로써 연구개발 계획서, 연구개발보고서, 연구 노트를 작성해서 5년간 보관해 두고 있어야 해. 세무신고를 할 때 반드시 제출해야 하는 것은 아니지만 과세 관청의 제출 요청이 있을 때는 즉시 제출해야 하도록 규정되어 있어.

대표 : 사업 초기부터 이런 절세 항목을 갖추어 둔 기업과, 뒤늦게 준비하는 기업은 부담해야 할 세액의 차이가 확연히 차이가 나겠네요. 우선은 요건을 검토해서 연구소 설립 신고부터 진행해야겠어요.

<계속>